W 1989 roku w efekcie działań podjętych przez dziekana Wydziału Humanistycznego Wyższej Szkoły Pedagogicznej prof. dr. hab. Stanisława Kubiaka uruchomiono pięcioletnie, magisterskie studia w zakresie historii. Było to konsekwencją utworzenia w 1987 roku Katedry Historii i Wiedzy o Społeczeństwie, dla której program kształcenia historyków nakreślił prof. dr hab. Marian Pawlak. Naukę wówczas rozpoczęło 31 studentów na studiach dziennych oraz 36 na studiach zaocznych.
Od roku akademickiego 1989/1990 trwały przygotowania do przemianowania placówki naukowej i od 1 lutego 1990 roku funkcjonowała ona jako Katedra Historii. Nową Katedrę tworzyły wówczas cztery zakłady i jedna pracownia:
- Zakład Historii Starożytnej i Średniowiecznej
- Zakład Historii Nowożytnej
- Zakład Historii XIX i Początków XX w.
- Zakład Historii Najnowszej i Współczesnej
- Pracownia Metodyki Historii i Nauk Społecznych.
Kadrę naukowo-dydaktyczną stanowiło wówczas 21 pracowników, w tym 6 samodzielnych. Pracownikami naukowymi byli głównie absolwenci Uniwersytetu Mikołaja Kopernika. Siedziba Katedry znajdowała się w budynku przy ul. Grabowej 2. Pierwszym dyrektorem został prof. dr hab. Włodzimierz Jastrzębski. Jesienią 1990 roku, na skutek objęcia przez Niego funkcji dziekana Wydziału Humanistycznego kolejnym kierownikiem Katedry został prof. dr hab. Maksymilian Grzegorz. W związku z powiększającą się liczbą pracowników naukowo-dydaktycznych (w roku akademickim 1990/1991 – 28 osób), jak i studentów, na potrzeby Katedry w 1991 roku pozyskano nową siedzibę: budynek dawnego Studium Wojskowego Wyższej Szkoły Pedagogicznej położony przy ul. Żeglarskiej 67 na Jachcicach. To wtedy (1.02.1992) Katedra Historii została podniesiona do rangi Instytutu Historii. Instytut tworzyło wówczas pięć zakładów:
- Zakład Historii Starożytnej i Średniowiecznej
- Zakład Historii Nowożytnej
- Zakład Historii XIX i Początków XX w.
- Zakład Historii Najnowszej i Współczesnej
- Zakład Metodyki Historii i Nauk Społecznych.
Od samego początku podjęto działania w kierunku stworzenia biblioteki instytutowej. Na początek miał być to tzw. księgozbiór podręczny. Studenci utworzyli Studenckie Koło Historyków, które stało się platformą integrującą, a także organizatorem Dni Historyka i objazdów naukowych, które odbywają się do dzisiaj.
W wyniku wzrostu potencjału naukowego Instytut Historii 19 marca 1993 roku uzyskał prawa do doktoryzowania, stając się wiodącym Instytutem Wydziału Humanistycznego. Pierwszym wypromowanym doktorem był Andrzej Mietz.
Z początkiem roku akademickiego 1993/1994 Instytut przeniesiono do budynku przy placu Józefa Weyssenhoffa 11. W tym czasie powołano także Zakład Nauk Pomocniczych Historii, natomiast dotychczasowy Zakład Historii Najnowszej i Współczesnej podzielono na dwa: Zakład Historii Najnowszej i Współczesnej Polski oraz Historii Najnowszej i Współczesnej Powszechnej. W roku akademickim 1994/1995 liczba studentów (dziennych i zaocznych) wyniosła 657, a pracowników 33. W 1995 roku z Zakładu Historii Średniowiecznej i Starożytnej oraz działającej w jego łonie od maja 1993 roku Pracowni Historii Starożytnej, wyodrębniono Zakład Archeologii i Cywilizacji Starożytnych.
Jesienią 1996 r. dyrektorem Instytutu Historii ponownie został prof. dr hab. Włodzimierz Jastrzębski. Istotnym poszerzeniem bazy naukowej Instytutu Historii było zakupienie w 1995 roku księgozbioru Bydgoskiego Towarzystwa Naukowego, liczącego blisko 40 tys. egzemplarzy i utworzenie Biblioteki Instytutu Historii. Nieco później Bibliotece tej nadano imię prof. Karola Buczka. Z inicjatywy pracownika Instytutu Historii dr. hab. Adama Sudoła w 1998 roku powstało Muzeum Dyplomacji i Uchodźstwa Polskiego, będące obecnie niezależną placówką UKW. Z początkiem października 1998 roku powołano Zakład Historii Kultury Materialnej i Dziejów Powszechnych Nowożytnych. Utworzono także oddział zamiejscowy w Radziejowie.
Począwszy od 19 marca 1999 roku Instytut otrzymał prawo habilitowania w zakresie historii. Pierwszym wypromowanym doktorem habilitowanym był Tomasz Nowakowski.
Z upływem czasu do programów studiów wprowadzano zmiany, poszerzając tym samym ofertę edukacyjną. Począwszy od roku akademickiego 2000/2001 wprowadzono do wyboru cztery specjalności zawodowe: nauczycielską (historia z wos), integrację europejską, promocję dziedzictwa kulturowego oraz ogólnohistoryczną. W roku akademickim 1999/2000 liczba studentów (dziennych i zaocznych) wyniosła 1445. W tym też czasie otworzono Studium Podyplomowe przeznaczone dla magistrów innych specjalności, zaś od roku 2000/2001 funkcjonowało Studium Podyplomowe dla magistrów historii. Również od 2000 roku w Instytucie prowadzone są studia historyczne
III stopnia (doktoranckie). 26 kwietnia 2000 roku powołano Katedrę Archeologii i Cywilizacji Starożytnych. Począwszy od roku akademickiego 2007/2008 uruchomiono studia na kierunku stosunki międzynarodowe. W związku z poszerzeniem oferty edukacyjnej nastąpiła zmiana nazwy na Instytut Historii i Stosunków Międzynarodowych. W kolejnym roku akademickim powstał kierunek: ochrona dóbr kultury.
Od 2008 roku organizowany jest przez Instytut Ogólnopolski Konkurs Wiedzy o Kazimierzu Wielkim i Jego Czasach.
Z dniem 1 października 2019 r. Instytut Historii i Stosunków Międzynarodowych został przemianowany w Wydział Historyczny Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy.
